Първоначално прилепите са били класифицирани в Надразред Archonta заедно с дървесните земеровки (Scandentia), каланите (Dermoptera) и приматите, заради очевидните прилики на Megachiroptera с тези животни. В последствие генетичните изследвания са причина прилепите да бъдат "преместени" в Надразред Laurasiatheria заедно с Хищниците (Carnivora), Панголините, Нечифтокопитните, Чифтокопитните и Китоподобните (Cetacea).
Прилепите са бозайници, въпреки че имат криле (те не са птици, защото не са покрити с пера, не снасят яйца, а раждат живи своите малки, които хранят с мляко).
Прилепите също така нямат нищо общо с гризачите (Rodentia), въпреки че външно приличат на тях и хората често ги наричат "летящи мишки".
Царство Animalia - Животни
Подцарство Bilateria - Двустранно-симетрични
Подтип Vertebrata - Гръбначни
Надклас Tetrapoda - Четирикраки
Клас Mammalia - Бозайници
Подклас Eutheria - Плацентни бозайници
Надразред Laurasiatheria
РАЗРЕД CHIROPTERA - ПРИЛЕПИ
Подразред Megachiroptera (англ. Megabats)
o Pteropodidae
Подразред Microchiroptera (англ. Microbats)
o Superfamily Emballonuroidea
+ Emballonuridae (англ. Sac-winged or Sheath-tailed bats)
o Superfamily Molossoidea
+ Antrozoidae (англ. Pallid bats)
+ Molossidae (англ. Free-tailed bats)
o Superfamily Nataloidea
+ Furipteridae (англ. Smoky bats)
+ Myzopodidae (англ. Sucker-footed bats)
+ Natalidae (англ. Funnel-eared bats)
+ Thyropteridae (англ. Disk-winged bats)
o Superfamily Noctilionoidea
+ Mormoopidae (англ. Ghost-faced or Moustached bats)
+ Mystacinidae (англ. New Zealand short-tailed bats)
+ Noctilionidae (англ. Bulldog bats or Fisherman bats)
+ Phyllostomidae (англ. Leaf-nosed bats)
o Superfamily Rhinolophoidea
+ Megadermatidae (англ. False vampires)
+ Nycteridae (англ. Hollow-faced or Slit-faced bats)
+ Rhinolophidae - Подковоноси прилепи (англ. Horseshoe bats)
o Superfamily Rhinopomatoidea
+ Craseonycteridae (англ. Bumblebee Bat or Kitti's Hog-nosed Bat)
+ Rhinopomatidae (англ. Mouse-tailed bats)
o Superfamily Vespertilionoidea
+ Vespertilionidae - Гладконоси прилепи (англ. Vesper bats or Evening bats)